Към самия край на производствения цикъл на Zonda, Pagani стартира най-екстремното развитие в историята си – Zonda R. Въпреки че използва като основа дизайна на Zonda, специалната програма за нея включва много елементи от следващия модел Huayra.
Оригиналът е поръчан от италиано-американски клиент, който вече притежава три „обикновени“ Pagani Zonda. Това ще стане първата от най -малко петнадесет Zonda R.
Това, което е пренесено от предишните версии, е красивото монококово шаси от въглеродни влакна. За тази цел колата е оборудвана с хромирана, тръбна клетка за ролки. От двата края на централния монокок са монтирани алуминиеви подрамки, върху които е монтирано окачването. Състои се от двойни лостове на четирите ъгъла с пружини, задвижвани с плъзгачи над амортисьорите. Карбоново-керамични дискове осигуряват страховитата спирачна сила на машината.
Двигателят на Pagani е от „колегите“ AMG-Mercedes – състезателен V12, който преди е бил използван в спортната кола CLK-GTR. С обем малко под шест литра, той произвежда около 750 к.с.и 710 Нм въртящ момент. Въпреки тези показатели, той може да работи и на 5000 оборота при състезателен режим. Абсолютно произведение на изкуството е изпускателната система Inconel 625 с керамично покритие. Подобно на другите Zonda „R“ включва четири изпускателни тръби, поставени в квадрат в сърцето на задната част.
Друга новост е напречно монтираната скоростна кутия, доставена от британските специалисти XTrac. С шест спортни предавки напред, последователната скоростна кутия се управлява чрез пера зад волана. Това е прекъсване на традицията и философията на Pagani, тъй като предишните модели на Zonda използват по-конвенционална ръчна скоростна кутия с настройка и три педала. Свързването на двигателя и скоростната кутия става с многодисков синтезиран съединител.
Проектиран като чистокръвен състезателен автомобил, интериорът на Zonda R е оборудван само с най-необходимото. В първоначалния си вид колата има пълната ширина, регулируемо задно крило, масивен заден дифузор и голям сплитер. По време на периода на разработването му много от работата е съсредоточена върху сплитера и предните всмукатели, които значително нарастват по размер. Друга забележителна характеристика е монтираната на покрива въздушна кутия, която директно захранва големия V12 двигател.
Въпреки че работата по автомобила започва в края на 2006 г., Zonda R не дебютира на автомобилното изложение в Женева през 2009 година. Тя се появява по-късно на фестивала на скоростта в Гудууд, Великобритания, където впечатлява с безкомпромисното си темпо и със славния рев на състезателния V12. Още по-впечатляващо е времето за обиколка 6:47, записано на пистата в Германия – Нюрбургринг през юни 2010 г. от Марк Басенг. Първоначално от Pagani имат намерение да представят десет коли – мостри, но поради търсенето бройката е увеличена до петнадесет.
Повече от година след като Zonda бе заменена от Huayra, Pagani без много шум представи „Evoluzione“ версия на „R“ на фестивала на скоростта в Гудууд през 2012 година. Външно тя се отличава от по -ранните модели с отделна перка на задната част. Задвижва се от зашеметяващите 760 к.с., които се предават към задните колела.
Като цяло Pagani Zonda R Evolution e диамант от италиански произход с германско сърце, произведен в крайно ограничен брой за най-лоялните клиенти на марката. Цената му вече придобива и колекционерска стойност, но първоначално обявената е в размер на два милиона и осемдесет и шест хиляди евро.